Program Ahli Madya atau Diploma Tiga (D3) adalah salah satu jenjang pendidikan tinggi pada program vokasi yang memiliki durasi kuliah selama tiga tahun (enam semester) dan selambat-lambatnya lima tahun (sepuluh semester). Kurikulum yang digunakan mahasiswa pada Program Ahli Madya atau Diploma Tiga (D3) mengutamakan skill atau keterampilan mahasiswa. Oleh sebab itu, bobot pembelajaran praktikum lebih besar daripada teori. Lulusan mahasiswa Program Ahli Madya atau Diploma Tiga (D3) mendapatkan gelar pendidikan A.Md. atau Ahli Madya.

Sebagai perguruan tinggi vokasi Politeknik Kesehatan Muhammadiyah Makassar memiliki Program Ahli Madya atau Diploma Tiga (D3) yaitu :

Sanitasi (Kesehatan Lingkungan)

Radiologi

Teknologi Elektro-Medis

Teknologi Laboratorium Medis (Analis Kesehatan)